Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu Annealing untuk Deteksi Gen mecA pada Bakteri Methicillin-Resistant Staphylococcus  aureus (MRSA) dari Rumah Sakit

Sabda Astra Fanila; Kurnia Ritma Dhanti; Kurniawan; Arif Mulyanto

doi:10.26630/jak.v14i1.5063

Authors

Sabda Astra Fanila Universitas Muhammadiyah Purwokerto
Kurnia Ritma Dhanti
Kurniawan
Arif Mulyanto

DOI:

https://doi.org/10.26630/jak.v14i1.5063

Keywords:

Gen mecA, Konsentrasi Primer, MRSA, PCR, Suhu Annealing

Abstract

Abstrak

Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) merupakan bakteri S.aureus yang resisten terhadap antibiotik β-laktam dan berperan penting dalam infeksi nosokomial di rumah sakit. Gen mecA berfungsi sebagai penanda molekuler untuk strain MRSA yang dapat dideteksi menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR), di mana efisiensi amplifikasi dipengaruhi oleh konsentrasi primer dan suhu annealing. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh konsentrasi primer dan suhu annealing yang optimal dalam mendeteksi gen mecA pada bakteri MRSA udara di ruangan rumah sakit. Metode pada penelitian ini menggunakan desain eksperimental. Suhu annealing divariasikan menjadi 53°C, 55°C, 57°C, dan 59°C, serta konsentrasi primer divariasikan menjadi 5 µM dan 10 µM. Analisis pita DNA dilakukan secara visual menggunakan UV transluminator dan luas area pita DNA menggunakan aplikasi imageJ. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa suhu annealing 53°C menghasilkan amplifikasi gen mecA yang lebih optimal dibandingkan suhu annealing 55°C, 57°C, dan 59°C. Selain itu, penggunaan konsentrasi primer 10 µM memberikan hasil amplifikasi yang lebih baik dibandingkan dengan konsentrasi primer 5 µM. Kesimpulan dari penelitian ini adalah suhu annealing 53°C dan konsentrasi primer 10 µM merupakan kombinasi yang optimal dalam mendeteksi gen mecA pada bakteri MRSA, baik secara visual maupun kuantitatif.

References

Amanda, K., Sari, R., & Apridamayanti, P. (2019). Optimasi Suhu Annealing Proses PCR Amplifikasi Gen shv Bakteri Escherichia coli Pasien Ulkus Diabetik. Jurnal Mahasiswa Farmasi Fakultas Kedokteran UNTAN, 4(1), 1–6. https://jurnal.untan.ac.id/index.php/jmfarmasi/article/view/39969/75676585518

Anissa, R. K., Lisdiana, L., & Widyayanti, A. T. (2023). Optimasi Metode Nested PCR untuk Deteksi Vibrio parahaemolyticus AHPND pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei). LenteraBio: Berkala Ilmiah Biologi, 13(1), 1–13. https://doi.org/10.26740/lenterabio.v13n1.p1-13

Asri, R. C., Rasyid, R., & Edison. (2017). Identifikasi MRSA pada Diafragma Stetoskop di Ruang Rawat Inap dan HCU Bagian Penyakit Dalam. Jurnal Kesehatan Andalas, 6(2), 239–244. https://doi.org/10.25077/jka.v6i2.685

Aulia, S. L., Suwignyo, R. A., & Hasmeda, M. (2021). Optimasi Suhu Annealing untuk Amplifikasi DNA Padi Hasil Persilangan Varietas Tahan Terendam dengan Metode Polymerase Chain Reaction. Sainmatika: Jurnal Ilmiah Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam, 18(1), 44–54. https://doi.org/10.31851/sainmatika.v17i3.5805

Buchori, A., Firmansah, H., Anika, M., Ratnawati, S., Ulfa, U. T., & Zendrato, Y. (2023). Komparasi Metode Ekstraksi DNA Menggunakan Daun Padi: Review. Agriculture and Biological Technology, 1(1), 40–50. https://doi.org/10.61761/agiotech.1.1.40-50

Dwiyanti, R. D., Muhlisin, A., & Muntaha, A. (2015). MRSA dan VRSA pada Paramedis RSUD Ratu Zalecha Martapura. Medical Laboratory Technology Journal, 1(1), 27–33. https://doi.org/10.31964/mltj.v1i1.5

Erlin, E., Rahmat, A., Redjeki, S., & Purwianingsih, W. (2020). Deteksi Methicilin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) sebagai Penyebab Infeksi Nosokomial pada Alat-alat di Ruang Perawatan Bedah. Quagga: Jurnal Pendidikan Dan Biologi, 12(2), 137–144. https://doi.org/10.25134/quagga.v12i2.2671

Faisal, M., Sari, R., & Apridamayanti, P. (2019). Optimasi Suhu Annealing Gen mecA Resistensi Antibiotik Amoksilin dari Bakteri Staphylococcus aureus pada Pasien Ulkus Diabetik. Jurnal Mahasiswa Farmasi Fakultas Kedokteran UNTAN, 4(1), 1–12. https://jurnal.untan.ac.id/index.php/jmfarmasi/article/view/41857

Fitranda, M., Salasia, S. I. O., Sianipar, O., Dewananda, D. A., Arjana, A. Z., Aziz, F., Wasissa, M., Lestari, F. B., & Santosa, C. M. (2023). Methicillin-resistant Staphylococcus aureus Isolates Derived From Humans and Animals in Yogyakarta, Indonesia. Veterinary World, 16(1), 239–245. https://doi.org/10.14202/vetworld.2023.239-245

Galia, L., Ligozzi, M., Bertoncelli, A., & Mazzariol, A. (2019). Real-time PCR Assay for detection of Staphylococcus aureus, Panton-Valentine Leucocidin and Methicillin Resistance Directly from Clinical Samples. AIMS Microbiology, 5(2), 138–146. https://doi.org/10.3934/microbiol.2019.2.138

Hafsah, J., Achyar, A., Atifah, Y., & Advinda, L. (2023). Specific Primary Design and Optimization of Monodehydroascorbate reductase (MDHAR) Gene Amplification in Rice (Oryza sativa L.). Jurnal Serambi Biologi, 8(3), 346–354. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast,

Herman, H., Natalya, L. N., Berampu, S. M., & Roslim, D. I. (2017). Optimasi Suhu Annealing untuk Primer g-SSR dan EST-SSR pada Kacang Hijau (Vigna radiata L.). Jurnal Dinamika Pertanian, 33(1), 95–102. https://doi.org/10.25299/dp.2017.vol33(1).3821

Jannah, M. (2023). Optimalisasi Kondisi PCR Untuk Amplifikasi Sekuen Gen HBB. Oryza: Jurnal Pendidikan Biologi, 12(1), 36–42. https://doi.org/10.33627/oz.v12i1.1057

Kateete, D. P., Bwanga, F., Seni, J., Mayanja, R., Kigozi, E., Mujuni, B., Ashaba, F. K., Baluku, H., Najjuka, C. F., Källander, K., Rutebemberwa, E., Asiimwe, B. B., & Joloba, M. L. (2019). CA-MRSA and HA-MRSA Coexist in Community and Hospital Settings in Uganda. Antimicrobial Resistance and Infection Control, 8(94), 1–9. https://doi.org/10.1186/s13756-019-0551-1

Kemalaputri, D. W., Jannah, S. N., Budiharjo, A., & Soedarto, J. (2017). Deteksi MRSA (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus) pada Pasien Rumah Sakit dengan Metode Maldi-TOF MS dan Multiplex PCR. Jurnal Biologi, 6(4), 51–61. https://ejournal3.undip.ac.id/index.php/biologi/article/view/19607

Khusnan, Kusmanto, D., & Slipranata, M. (2016). Resistensi Antibiotik dan Deteksi Gen Pengode Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) Isolat Broiler di Wilayah Yogyakarta. Jurnal Kedokteran Hewan, 10(1), 13–18. https://doi.org/10.21157/j.ked.hewan.v10i1.3360

Lukemiller. 2010. Analyzing gels and western blots with ImageJ. Search. Published online:1-14. https://lukemiller.org/index.php/2010/11/analyzing-gels-and-western-blots-with-image-j/

Mardiana, A., Dhanti, K. R., Kurniawan, & Sulistyowati, R. (2023). Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu Annealing dalam Mendeteksi Gen BlaZ pada Bakteri Methicillin-resistant Staphylococcus aureus di Udara. Borneo Journal Of Medical Laboratory Technology, 6(1), 389–391. https://doi.org/10.33084/bjmlt.v6i1.6076

Mawardi, A., Maury, H. K., & Maladan, Y. (2020). Analisis Perbandingan Kualitas Produk Amplikon Gen PMSA2 Antara Spesimen Spot Darah Kering dan Vena. Jurnal Biologi Papua, 12(1), 10–18. https://doi.org/10.31957/jbp.949

Nuryah, A., Yuniarti, N., & Puspitasari, I. (2019). Prevalensi dan Evaluasi Kesesuaian Penggunaan Antibiotik pada Pasien dengan Infeksi Methicillin Resistant Staphylococcus aureus di RSUP Dr. Soeradji Tirtonegoro Klaten. Majalah Farmaseutik, 15(2), 123–129. https://doi.org/10.22146/farmaseutik.v15i2.47911

Prajawaty, P. A. U., & Fatmawati, N. N. D. (2018). Deteksi Molekuler mecA pada Isolat Klinis Methycilin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) dengan Menggunakan Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) di RSUP Sanglah Denpasar. Intisari Sains Medis, 9(3), 74–77. https://doi.org/10.15562/ism.v9i3.327

Putri, A. N. A., Indra, A. I. N., Merdekawati, F., & Abror, Y. K. (2024). Optimasi Variasi Voltase dan Waktu terhadap Kulitas Pita DNA Escherichia Coli pada Proses Elektroforesis Gel Agarosa. Jurnal Kesehatan Siliwangi, 5(2), 298–309. https://jurnal.polkesban.ac.id/index.php/jks/article/view/2388

Rahman, I. W., Arfani, N., & Tadoda, J. V. (2023). Deteksi Bakteri MRSA Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus pada Sampel Darah Pasien Rawat Inap. Jurnal Ilmu Alam Dan Lingkungan, 14(1), 48–54. http://journal.unhas.ac.id/index.php/jai2/article/view/26212

Sandra, S., Rustiati, E. L., Srihanto, E. A., Wahyuningsih, S., Priyambodo, P., Pratiwi, D. N., Febriansyah, M., Lestari, S. W., Winarno, W., Thesalonika, N., Mayda, M. A., Andriyani, Y., Afandi, A., Lidya, A., Permatasari, N., & Suhada, S. (2025). Uji Keberhasilan Amplifikasi Gen N-Methyltransferase pada Kopi Robusta di Perkebunan Kopi Rakyat Lembah Gunung Betung, Bogorejo, Lampung. Jurnal Pendidikan Biologi, 10(2), 1021–1026. https://e-journal.my.id/biogenerasi

Setyawati, R., & Zubaidah, S. (2021). Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu Annealing dalam Mendeteksi Gen Leptin pada Sapi Peranakan Ongole (PO) Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Indonesian Journal of Laboratory, 4(1), 36–40. https://doi.org/10.22146/ijl.v4i1.65550

Siswanto, Putri, Y., Merdekawati, Fusvita, Ernawati, Hardiana, Acep T, Kurniawan, & Entuy. (2020). Optimasi Suhu Annealing dan Konsentrasi Primer untuk Deteksi Brugia malayi Menggunakan Real-Time PCR. Jurnal Riset Kesehatan, 11(1), 314–321. https://doi.org/10.34011/juriskesbdg.v11i1.791

Sugireng, & Rosdarni. (2020). Deteksi MRSA (Methicilin Resistant Staphylococccus aureus) dengan Metode PCR pada Pasien Ulkus Diabetikum. Prosding Seminar Nasional Biologi, 31–35. https://doi.org/10.24252/psb.v6i1.15232

Susanti, M. A., Mahardhika, G. S., Rujito, L., Darmawan, A. B., & Anjarwati, D. U. (2020). The Examination of mecA Gene in Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Inappropriate Antibiotic Uses of Healthcare Workers and Communities in Banyumas. Jurnal Kedokteran Dan Kesehatan Indonesia, 11(3), 257–265. https://doi.org/10.20885/jkki.vol11.iss3.art7

Syaniar, R., Farisida, Luhur, R., Malayanti, Siswanti, R. T., Asmawati, W. O., & Farida, I. (2024). Edukasi Pencegahan dan Tatalaksana MRSA pada Tenaga Kesehatan. Jurnal Abdimas Kedokteran dan Kesehtan, 2(1), 42–47. https://doi.org/10.24853/jaras.2.1.42-47

Trisia, A., Philyria, R., & Toemon, A. N. (2018). Uji Aktivitas Antibakteri Ekstrak Etanol Daun Kalanduyung (Guazuma ulmifolia Lam.) terhadap Pertumbuhan Staphylococcus aureus dengan Metode Difusi Cakram (Kirby-Bauer). Anterior Jurnal, 17(2), 136–143. https://doi.org/10.33084/anterior.v17i2.12

Wijayanti, T. R. A., & Safitri, R. (2018). Uji Aktivitas Antibakteri Ekstrak Daun Belimbing Wuluh (Averrhoa Bilimbi Linn) terhadap Pertumbuhan Bakteri Staphylococcus aureus Penyebab Infeksi Nifas. Care : Jurnal Ilmiah Ilmu Kesehatan, 6(3), 277–285. https://doi.org/10.33366/cr.v6i3.999

Yuenleni. (2019). Langkah-Langkah Optimasi PCR. Indonesian Journal of Laboratory, 1(3), 51–56. https://doi.org/10.22146/ijl.v1i3.48723